Miután Mario és Luigi meghiúsították Bowser korábbi tervét, hogy feleségül vegye Peach hercegnőt, most egy új fenyegetéssel kell szembenézniük: Bowser Jr.-ral, aki elszántan próbálja kiszabadítani fogságban lévő apját, és helyreállítani a családi örökséget. Régi és új szövetségeseik támogatásával a testvérek csillagról csillagra utaznak, hogy megállítsák az ifjú örökös hadjáratát.