Tíz évvel a Baljós Árnyak cselekménye után a Galaktikus Köztársaság hatalmas krízisben van, a titokzatos Dooku gróf vezetésével több tízezer bolygórendszer lép ki a Köztársaságból, és a maroknyi jedi lovag kevés ahhoz, hogy fenntartsa a békét. Padmé (Natalie Portman) minden erővel igyekszik diplomatikusan, békés tárgyalások útján megoldani a kialakult háborús helyzetet, és ellenzi egy hadsereg felállítását. De miután többször is az életére törnek, a Jedi Tanács úgy dönt, hogy a biztonságosnak tűnő Naboora küldi Anakin Skywalker (Hayden Christensen) védelme alatt. Eközben Obi-wan (Ewan McGregor) nyomozni kezd a rejtélyes fejvadász után, így jut el egy peremvidéki bolygóra, Kaminora, ahol megdöbbentő dolgot fedez fel: harcosok ezreit klónozzák állítólag a Köztársaság számára.